一般新的反渗透设备运行时，首先需要将操作反渗透设备及注意事项。
1、反渗透设备石英砂过滤器及活性炭过滤器需要反洗及正洗，直到出水是洁净的水才能进行下一步工作；
2、反渗透设备加阻垢剂或者是软化水设备的准备工作，如果是加阻垢剂，需要根据运行水量及药箱的大小及计量泵的流量等计算，配好阻垢剂药业及调好计量泵的加药量。如果是采用软化水设备，需要保证软化水设备出水是正常的软水；有再生树脂等工作。
3、反渗透设备保安过滤器又叫精密过滤器，需要装好滤芯，保证每支熔喷滤芯的密封件是否安装好。
反渗透设备的预处理工作完成后才能继续下步工作。
4、反渗透设备的反渗透膜根据要求安装到每支膜壳中，注意每支膜的密封及膜壳端盖的密封。
5、反渗透设备主机运行，采用低压、低流量的手法将管道中的空气赶走，只有管道中的空气不存在设备才能正常的运行。首先压力要保持在 0.2~0.4MPa 之间。使用低压冲洗和排气时，要将产生的浓水和产水排放到下水道中。如果在运行时压力上升较快的时候，这是膜元件中存有空气，将会产生水流与径向的冲击力。这样的情况下可能就会使反渗透膜击穿破裂，造成反渗透膜不可修复的情况。首次使用时，一定要将膜运行的压力调节至 0.2~0.4MPa 进行冲洗，要保证反渗透系统每次启动时都会自动低压冲洗反渗透膜功能。这个工序时间一般为2分钟。
6、完成了反渗透设备以上工作后，反渗透设备就可以正常运行了；但要注意观察反渗透设备系统中的每一个压力监测点，运行压力是否正常；进水量及产水量和浓水量是否正常，纯水水质是否达到设计要求等。